Use uma versão antiga do ePSXe, pode usar seu save sem problemas.
ePSXe 1.7.0 tem esses problemas de Change Disc mesmo, tente usar uma versão anterior que funciona.

Se não funcionar emule a imagem com Daemon Tools e use a opção de CD-ROM Change Disc.
Se não funcionar ainda poste aqui.

Espero ter ajudado, poste seus resultados.

Então.
Você vai rodar o jogo normalmente (o disco 1) pelo ISO, quando pedir pra trocar de disco, faça:

-Abra o DAEMON Tools LITE.

-Clique com o botão ESQUERDO no ícone localizado no lado inferior direito da tela, ao lado do horário.

-Deverá aparecer: \'Dispositivo 0: [F: ] Sem Mídia\'. - clique nesta opção.

-Após isso, localize a imagem do DISCO 2, execute e pronto.

-Vá no ePSXe, Change Disc CD-ROM e escolha o Dispositivo Virtual Emulado no Meu Computador.

Poste seus resultados.

tenta usar outro plugin de CD no epsxe..

ou converte esse save do epsxe e usa em outro emulador (Psxfin, VGS, Emuraiden, etc).